作为神学家，司各特并不否认宗教信仰，但他认为理性应在信仰之上，并力求使哲学独立于神学，宣称上帝并不是形而上学的主题。同时他还指出理性是有局限的，认为人们既不能通过证明承认上帝存在，也不能利用理智把握上帝的属性，只有借助于个人的沉思才能直接认识上帝。
在伦理观方面，司各特主张个人是行动和道德的主体，人应该根据自己的意志去追求幸福。他的这些思想肯定了个人的独立意志，这在当时具有一定的解放思想的作用。
在唯名论与实在论的斗争中，司各特坚持唯名论的概念论观点，他认为一般不能在人的理智之外独立存在，它只是同类事物之间的共同性。司各特采纳了亚里士多德关于形式和质料学说的基本思想，不过他反对抬高形式贬低质料。他指出质料即物质，具有独立的实在性，形式的作用在于让物质具有个性，只有它与物质结合才能构成独立的实体。
在司各特看来，人固然不能通过理性认识上帝，但可以凭借自己的天赋和能力获取知识。他认为，认识起源于人的感官对单纯物体的表象，人以这些简单的、混乱的感官表象为诱因，然后凭着理智能力，形成对根本原理的知识。理智若不从感官方面获得主题，就不可能对命题的主题有任何知识。他还猜测物质具有思考能力，认为灵魂中可能有物质。司各特的这种观点是对宗教神学唯心主义认识论的否定。