实力不断膨胀的藩王，逐渐成为中央政权的威胁。1398年，朱元璋死后，因太子朱标早死，皇太孙朱允炆即位，年号建文，为建文帝。建文帝即位后，即与亲信大臣齐泰、黄子澄等密谋削藩。与此同时，也在北平及城内部署兵力，又以防边为名，把燕王的护卫精兵调出塞外戍守，准备削除燕王。建文帝以为准备停当了，便秘密下令擒拿燕王，但是没有成功，燕王朱棣立即起兵南下。这时建文帝已无大将可用，只好起用幸存的老将耿炳文统兵北伐，又派纨绔子弟李景隆继续讨伐，均被朱棣打得大败。
战争历时四年（1399～1402年），结果朱棣得胜，占领南京，即皇帝位，年号永乐，是为明成祖。建文帝下落不明。
永乐十九年（1421年），明成祖迁都北京，以南京为留都，在位期间提出“为治之道在宽猛适中”的原则。他利用科举制及编修书籍等方式笼络地主知识分子，宣扬儒家思想以改变明初嗜佛之风，选择官吏力求因才而用，为当时政治、经济、军事、文化等方面的发展奠定了思想和组织基础。他统治期间社会安定、国家富强，由于成祖年号为“永乐”，后世称这一时期为“永乐盛世”。
